Quantification du transcrit BCR-ABL1

La quantification du transcrit BCR::ABL1 constitue un marqueur de maladie résiduelle dans la leucémie myéloïde chronique et dans certaines leucémies aiguës porteuses du réarrangement. Elle permet de suivre la réponse au traitement par inhibiteurs de tyrosine kinase selon les recommandations de l’ELN. Le suivi longitudinal de la décroissance du transcrit permet d’évaluer l’efficacité thérapeutique et d’adapter la prise en charge du patient.

• Gènes étudiés :  BCR, ABL1

• Oncohématologie

Mutation de JAK2 V617F

La mutation V617F située dans l’exon 14 du gène JAK2 est caractéristique des néoplasies myéloprolifératives, notamment la polyglobulie de Vaquez, la thrombocytémie essentielle et la myélofibrose. Elle est retrouvée dans environ 96 % des polyglobulies de Vaquez et dans 50 à 60 % des thrombocytémies essentielles et myélofibroses. Son identification permet d’établir le diagnostic selon les critères OMS 2022. La détection par qPCR offre un seuil de sensibilité élevé. La mutation est également associée à un risque accru de complications thrombotiques, fréquemment révélatrices de la maladie.

• Gènes étudiés :  JAK2

• Oncohématologie

Panel LLC Pronostic (NGS)

Le panel LLC pronostique est une analyse étendue permettant d’évaluer le risque évolutif et théranostique chez les patients atteints de leucémie lymphoïde chronique. Il contribue à la détermination du risque de rechute ou d’échec thérapeutique par l’identification de mutations associées à la résistance aux traitements et à un pronostic défavorable.

• Gènes étudiés :  ARID1A, ATM, BCOR, BAX, BCL2, BIRC3, BRAF, BTK, CARD11, EGR2, EP300, FBXW7, HRAS, KRAS, MAP2K1, MCL1, MGA, MYD88, NFKBIE, NOTCH1, NRAS, PLCG2, POT1, RPS15, SAMHD1, SF3B1, TP53, XPO1

• Oncohématologie

Panel MYD88/CXCR4/BRAF

La recherche de mutations de MYD88 et CXCR4 est réalisée lors d’une suspicion de maladie de Waldenström, en complément d’une cytologie médullaire et/ou dans un contexte d’exclusion de lymphome de la zone marginale. La mutation MYD88 est retrouvée dans plus de 90 % des cas et celle de CXCR4 dans environ 40 %. Ce panel inclut également la recherche de la mutation BRAF V600E, caractéristique des leucémies à tricholeucocytes, permettant une approche diagnostique combinée des pathologies lymphoïdes.

• Gènes étudiés :  MYD88, CXCR4, BRAF

• Oncohématologie

Panel Waldenström complet (NGS)

Ce panel constitue une analyse complémentaire à la recherche ciblée de MYD88 dans la maladie de Waldenström. Il permet d’identifier des mutations décrites dans la littérature sur d’autres gènes impliqués dans la physiopathologie de la maladie, tels que NOTCH2, ARID1A ou CD79A/B. Il présente un intérêt pronostique et théranostique en identifiant des mutations associées à la réponse ou à la résistance thérapeutique.

• Gènes étudiés :  ARID1A, BTK, CARD11, CD79A, CD79B, CXCR4, MYD88, NOTCH2, PLCG2, TP53

• Oncohématologie

Panel Lymphome B (NGS)

Ce panel permet une aide diagnostique majeure pour l’identification, en complément des analyses histologiques, cytologiques et cytogénétiques, des lymphomes non hodgkiniens B selon les classifications OMS et ICC 2022. Il permet d’orienter vers un type ou un sous-type de LNH-B en fonction du profil moléculaire observé. Il apporte également une information pronostique en identifiant des mutations associées à l’évolution de la maladie.

• Gènes étudiés :  ARID1A, ATM, BCOR, BAX, B2M, BCL2, BCL6, BIRC3, BRAF, BTK, CARD11, CCND1, CCND3, CDKN2A, CD19, CD22, CD79A, CD79B, CREBBP, CXCR4, DIS3, DNMT3A, EGR2, EP300, ETV6, EZH2, FAS, FBXW7, FOXO1, GNA13, HRAS, ID3, IDH2, IRF4, KMT2D, KLF2, KRAS, MAP2K1, MEF2B, MCL1, MGA, MYC, MYD88, NFKBIE, NOTCH1, NOTCH2, NRAS, PAX5, PIM1, PLCG2, POT1, PRDM1, PTEN, RHOA, RPS15, SAMHD1, SF3B1, SGK1, SMARCA4, SOCS1, STAT3, STAT5B, STAT6, TENT5C, TET2, TNFAIP3, TNFRSF14, TP53, XPO1

• Oncohématologie

Myélogramme

La lecture du myélogramme correspond à l’analyse cytologique sur lame des différentes populations cellulaires présentes dans la moelle osseuse après coloration. L’identification d’anomalies quantitatives et/ou qualitatives des lignées hématopoïétiques permet de conclure sur la présence ou l’absence d’une maladie hématologique et d’orienter le diagnostic.

• Oncohématologie

Cytochimies

Les réactions de cytochimie médullaire permettent la mise en évidence de composants cellulaires spécifiques par des réactions biochimiques colorées réalisées sur lame. Deux réactions sont proposées selon le contexte clinique : la recherche d’une activité myélopéroxydasique dans un contexte de leucémie aiguë, et la coloration de Perls pour la mise en évidence d’anomalies du métabolisme du fer dans les syndromes myélodysplasiques.

• Oncohématologie

Cytométrie

La cytométrie en flux correspond à l’analyse des antigènes exprimés à la surface ou dans le cytoplasme des cellules afin d’identifier les différentes populations et sous-populations cellulaires présentes dans un échantillon. Elle permet le phénotypage des cellules dans un contexte de maladie hématologique et contribue à l’orientation ou à la confirmation diagnostique. Elle permet également la recherche d’une hémoglobinurie paroxystique nocturne par l’analyse de l’expression des protéines liées à l’ancrage GPI, telles que CD55 et CD59.

• Oncohématologie

Panel LMC atypique (NGS)

Ce panel est constitué de plusieurs gènes impliqués dans des néoplasies myéloïdes rares. Il a une visée essentiellement diagnostique et permet d’orienter vers des pathologies telles que la leucémie chronique à neutrophiles ou certaines entités chevauchantes de type SMD/NMP selon la classification OMS 2022. L’identification de mutations sur ces gènes contribue à affiner le diagnostic dans des situations cliniques atypiques.

• Gènes étudiés :  CSF3R, ETNK1, SETBP1, TP53

• Oncohématologie

Caryotype oncologique

Le caryotype oncologique correspond à l’analyse des chromosomes dans un contexte de pathologie oncologique. Il vise à détecter des anomalies numériques ou structurales ayant une valeur diagnostique, pronostique et théranostique. Il constitue un examen de référence dans l’exploration des maladies hématologiques malignes.

• Oncohématologie

Panel NMP Phi – (NGS)

Ce panel est dédié aux néoplasies myéloprolifératives Ph négatives, en particulier la myélofibrose primitive ou secondaire. Il permet l’identification de mutations de mauvais pronostic pouvant favoriser une transformation en leucémie aiguë myéloïde. Il est également indiqué dans la polyglobulie de Vaquez et la thrombocytémie essentielle afin de rechercher la présence de mutations additionnelles susceptibles d’impacter le pronostic et la réponse thérapeutique.

• Gènes étudiés :  ABL1, ANKRD26, ASXL1, ASXL2, CALR, CBL, CSF3R, DNMT3A, ETNK1, ETV6, EZH2, GATA2, IDH1, IDH2, JAK2, KIT, KRAS, MPL, NPM1, NRAS, PTPN11, RHOA, RUNX1, SF3B1, SETBP1, SH2B3, SRSF2, STAG2, TET2, TP53, U2AF1, ZRSR2

• Oncohématologie

FISH oncologique

La FISH oncologique repose sur l’utilisation de sondes fluorescentes spécifiques permettant l’analyse ciblée de régions du génome. Elle permet de rechercher des anomalies de nombre ou de structure chromosomique et de confirmer certaines anomalies détectées au caryotype. La technique peut être réalisée sur cellules en interphase ou après culture cellulaire, avec une ou plusieurs sondes selon l’indication clinique.

• Oncohématologie

Panel LMMC (NGS)

Ce panel est dédié à la leucémie myélo-monocytaire chronique (LMMC). Il regroupe des gènes fréquemment décrits dans cette pathologie et présente un intérêt diagnostique, pronostique et théranostique. Réalisé en complément de la cytogénétique, il permet de contribuer à l’établissement des scores pronostiques et à l’évaluation du risque des patients en fonction de leur profil moléculaire.

• Gènes étudiés :  ASXL1, ASXL2, BCOR, CALR, CBL, DNMT3A, EZH2, FLT3, IDH1, IDH2, JAK2, KRAS, MPL, NF1, NPM1, NRAS, RHOA, RUNX1, SETBP1, SF3B1, SH2B3, SRSF2, TET2, TP53, U2AF1, ZRSR2

• Oncohématologie

Panel NGS CALR/MPL/JAK2 exon12

En cas de suspicion de néoplasie myéloproliférative avec absence de mutation JAK2 V617F, ce panel permet la recherche de mutations alternatives impliquant CALR, MPL ou JAK2 exon 12. Ces mutations sont recherchées en fonction du contexte clinique, notamment dans la polyglobulie de Vaquez, la thrombocytémie essentielle ou la myélofibrose primitive.

• Gènes étudiés :  CALR, MPL, JAK2

• Oncohématologie

Panel SMD (NGS)

Ce panel présente un triple intérêt diagnostique, pronostique et théranostique dans les syndromes myélodysplasiques. Il doit être associé à une étude cytogénétique médullaire. Son intérêt pronostique est majeur, notamment pour le calcul du score moléculaire IPSS-M. Il constitue également une aide diagnostique en cas de suspicion de SMD sans anomalies morphologiques ou cytogénétiques évidentes. Dans ce contexte, la notion de CHIP doit être discutée.

• Gènes étudiés :  ABL1, ANKRD26, ASXL1, ASXL2, BCOR, BCORL1, BRAF, CALR, CBL, CEBPA, CSF3R, CUX1, DDX41, DNMT3A, ETNK1, ETV6, EZH2, FLT3, GATA2, GNB1, HRAS, IDH1, IDH2, IKZF1, JAK2, KIT, KMT2A, KRAS, MPL, NF1, NPM1, NRAS, PHF6, PPM1D, PRPF8, PTPN11, RHOA, RUNX1, SF3B1, SETBP1, SH2B3, SRSF2, STAG2, TET2, TP53, UBA1, U2AF1, WT1, ZRSR2

• Oncohématologie

Recherche d’un réarrangement BCR-ABL1

Le transcrit de fusion BCR::ABL1 est identifié dans plusieurs pathologies hématologiques telles que la leucémie myéloïde chronique, certaines leucémies aiguës myéloïdes et leucémies aiguës lymphoblastiques. Cette fusion résulte de la translocation t(9;22)(q34;q11), dite chromosome de Philadelphie. Plusieurs points de cassure sont décrits entre les gènes BCR et ABL1, conduisant à différents types de transcrits (M-bcr, m-bcr, u-bcr). Son dépistage dans les néoplasies myéloprolifératives permet d’orienter vers des pathologies dites Ph positives ou Ph négatives. L’identification du transcrit permet également la mise en place d’un suivi moléculaire de la maladie résiduelle.

• Gènes étudiés :  BCR, ABL1

• Oncohématologie

Panel Vexas (UBA1) par NGS

Recherche de mutations somatiques sur l’ensemble du gène UBA1, décrites dans le syndrome VEXAS (Vacuoles, E1 enzyme, X-linked, Autoinflammatory, Somatic). Ce syndrome associe des manifestations auto-inflammatoires à des anomalies hématologiques acquises.

• Gènes étudiés :  UBA1

• Oncohématologie

Panel Mastocytose (cKIT) par NGS

Recherche de mutations sur l’ensemble du gène KIT, décrites dans les mastocytoses systémiques. Cette analyse permet de contribuer au diagnostic et à l’évaluation pronostique de la maladie.

• Gènes étudiés :  KIT

• Oncohématologie

Panel LAM (NGS)

Ce panel NGS permet de cibler des gènes à valeur pronostique et théranostique impliqués dans les leucémies aiguës myéloïdes (LAM). Il a pour objectif d’identifier des mutations additionnelles susceptibles d’impacter le pronostic, la stratification du risque et la réponse thérapeutique. Il contribue à l’ajustement de la prise en charge thérapeutique et à l’évaluation du risque évolutif de la maladie, en complément des données cytogénétiques et cliniques.

• Gènes étudiés :  ABL1, ANKRD26, ASXL1, ASXL2, BCOR, BCORL1, BRAF, CALR, CBL, CEBPA, CSF3R, CUX1, DDX41, DNMT3A, ETNK1, ETV6, EZH2, FLT3, GATA2, GNB1, HRAS, IDH1, IDH2, IKZF1, JAK2, KIT, KMT2A, KRAS, MPL, NF1, NPM1, NRAS, PHF6, PPM1D, PRPF8, PTPN11, SETBP1, SF3B1, SH2B3, SRSF2, STAG2, TET2, TP53, UBA1, U2AF1, WT1, ZRSR2

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